Das Programm der Innenausstattung der Basilika hat der Hofbildhauer der Fürsten Thurn und Taxis, Simon Sorg, entworfen. In diesem Programm wird die dramatische Struktur der großen Welttheaterentwürfe der Barockzeit sichtbar.

Der ganze Kircheninnenraum stellt in den Fresken des Langhauses und des Querhauses sowie in den vielen Skulpturen das Leben Kaiser Heinrichs II. und seiner Gemahlin Kunigunde dar. Den künstlerischen Gestaltungen liegt das Lebensgefühl des Barock und des Rokoko zugrunde.

Im Mittelpunkt der dramatischen Innenausstattung steht der gläubige Mensch, der sein irdisches Dasein auf ein ewiges Leben bei Gott ausgerichtet hat.